En juin 1998, des luttes intestines au sein du Gouvernement ont déclenché un conflit armé entre le Président Nino Vieira, soutenu par les troupes du Sénégal et de la Guinée Conakry, et le chef d'état-major général Ansumane Manè, soutenu par 80 pour cent de l'armée et une bonne partie de la population.
Les conséquences du conflit sont dramatiques : des centaines de morts, y compris parmi les civils, et plus de 100 000 réfugiés. En juin 1999, après le départ des armées sénégalaise et guinéenne, les troupes rebelles du général Manè parviennent à l'emporter définitivement sur les troupes restées fidèles au Président Vieira, qui est contraint de s'exiler.
Fin 1999, le pays connaît un début d'évolution démocratique avec l'organisation d'élections législatives (décembre 1999) et présidentielles (janvier 2000) perturbées par une tentative ultérieure de coup d'état à la fin de l'année 2000.

Après la guerre civile, la situation du pays, déjà fragile, s'est encore dégradée : une grande partie de la capitale est détruite ou gravement endommagée ; les lignes téléphoniques, quand elles ne sont pas coupées, fonctionnent par intermittence ; une année de récolte a été perdue ; l'hôpital central, soumis à un intense bombardement, est fermé. L'hôpital Raoul Follereau-Sant'Egidio lui-même a été bombardé et occupé par les militaires. Les bâtiments ont été très abîmés, comme on le voit sur les photos.




La situation sociale et sanitaire est donc très précaire en raison de la destruction de toutes les infrastructures, déjà déficientes avant la guerre civile. Même les liaisons avec les pays voisins sont problématiques : l'aéroport ne fonctionne que de jour, le réseau routier est insuffisant et le port est en partie endommagé.