L'hôpital n'a pas été épargné par le conflit : quelques patients et membres du personnel de l'hôpital ont perdu la vie au cours des opérations d'évacuation des patients les plus graves qui ont été transférés à l'hôpital de Cumura, a 30 km de Bissau, aussitôt après le début des hostilités.
En effet, à l'automne 98, seulement une année après le début de la prise en charge par la Communauté, l'hôpital a été réquisitionné par l'armée sénégalaise qui en a fait son propre quartier général. Situé non loin du centre ville, sur la route qui conduit a l'aéroport, l'édifice s'est carrément trouvé sur la ligne de front des combats et a été bombardé plus d'une fois.
Les différents services, les laboratoires et cabinets de consultation ont été détruits.



Tous les appareils, ustensiles et les équipements ont été rendus hors d'usage. Même le système d'approvisionnement et d'écoulement de l'eau, et les équipements sanitaires ont été rendus complètement inutilisables.
Le fait le plus préoccupant est que l'hôpital a été gravement endommagé dans sa structure même. En d'autres termes, pour le remettre en état, il faut abattre et reconstruire près de 20 pour cent du gros œuvre, tandis que les 80 pour cent restants devront être profondément restaurés. Mis à part les dégâts causés par l'artillerie et par la présence des soldats durant de nombreuses semaines, une part des destructions est imputable à la pluie qui, en l'absence de couverture, a attaqué la structure même des bâtiments.



La Communauté s'est engagée à trouver les fonds nécessaires à la remise en état et au rééquipement de l'hôpital et la reconstruction des édifices a commencé en septembre 2000.