Sant'Egidio è presente in Indonesia dagli anni 90. Conta circa 500 volontari in 13 città ( i centri più importanti sono a Jakarta, Yogyakarta, Kupang). Nonostante lunghi e pressanti orari di lavoro (come è in tutte le società asiatiche) i volontari di Sant'Egidio sono impegnati in iniziative di solidarietà che svolgono a livello volontario e gratuito.
In tutte le città dove esiste la comunità sono state realizzate le Scuole della Pace: un'attività educativa che coinvolge bambini degli slum e delle zone più povere delle città. Qui è frequente la scarsa scolarizzazione, tanto che spesso i bambini sono spinti a lavorare in tenera età. Le Scuole della Pace offrono a molti la possibilità di imparare a leggere e scrivere e svolgono un'attività di prevenzione del lavoro minorile, ma hanno anche un valore di "dialogo interreligioso" perché insegnano a bambini di diverse religioni ed etnie ( la maggior  parte sono musulmani) a crescere insieme in amicizia  e reciproco rispetto. Gli uni celebrano le feste religiose degli altri come a Natale e durant il Ramadan.
Una di queste Scuole della Pace, che ha sede nel quartiere di Block O a Yogyakarta, è stata scelta dal comitato dell'Asian Youth Day come uno dei luoghi dove i giovani asiatici saranno invitati a fare esperienza di vita cristiana.
Da qualche anno è nato anche il movimento dei Giovani per la Pace, studenti delle superiori che vengono coinvolti in iniziative di solidarietà, in particolare con gli anziani. Nonostante un'età media ancora relativamente bassa, in Indonesia si verifica infatti un sempre più frequente ricorso alla istituzionalizzazione degli anziani a causa della frammentazione del tessuto familiare dovuto all'inurbamento e all'intensa vita lavorativa.