La commission des « Nouveaux Martyrs »
En 1999-2000, les locaux adjacents à la basilique ont accueilli les travaux de la commission des « Nouveaux Martyrs », chargée par Jean-Paul II de recueillir les histoires des chrétiens qui, au XXe siècle, ont payé de leur vie la fidélité à l’Evangile.
L’expérience de cette commission a été déterminante afin que se diffuse dans l’Eglise la conscience de l’ampleur du phénomène du martyre au siècle dernier. Plus de 12 000 témoignages ont été transmis à la commission, dont certains ont été rappelés à l’occasion de la prière œcuménique en mémoire des témoins de la foi du XXe siècle, présidée par Jean-Paul II, le 7 mai 2000 au Colisée.
A cette occasion, le pape Jean-Paul II a dit :
« La génération à laquelle j’appartiens a connu l’horreur de la guerre, les camps de concentration, la persécution. (…) L’expérience de la seconde guerre mondiale et des années qui ont suivi m’a conduit à considérer avec une attention pleine de reconnaissance l’exemple lumineux de ceux qui, du début à la fin du vingtième siècle, ont souffert la persécution, la violence et la mort à cause de leur foi et à cause du comportement que leur inspirait la vérité du Christ. Ils sont si nombreux ! Leur mémoire ne doit pas être perdue. Il faut au contraire qu’elle soit conservée par écrit. »
La richesse des témoignages collectés et leur nombre très élevé ont fait apparaitre un phénomène qui avait été pratiquement ignoré jusqu’alors : le XXe siècle a été un siècle profondément marqué par le témoignage rendu par les martyrs de tous continents. Au lendemain de l’Année Jubilaire, il fallait toutefois que ce patrimoine ne retombe pas dans l’oubli.
C’est pourquoi Jean-Paul II a décidé que la basilique Saint-Barthélemy deviendrait un mémorial des « nouveaux témoins de la foi » du XXe siècle.
Le 12 octobre 2002, lors d’une célébration œcuménique présidée par le cardinal Camillo Ruini et le patriarche orthodoxe roumain Teoctist, l’icône des témoins de la foi du XXe siècle fut solennellement bénie et installée au-dessus du maître-autel. A cette occasion, on exposa également des croix et des reliques chrétiennes dans les six chapelles latérales, dédiées aux différents contextes historiques et géographiques dans lesquels ces témoins de la foi ont vécu. Dans la première chapelle du bas-côté droit sont rappelés les témoins de la foi de l’Asie, de l’Océanie et du Moyen Orient ; dans la chapelle suivante, ceux des Amériques ; dans la dernière chapelle du bas-côté droit sont rappelés les témoins de la foi tués sous les régimes communistes. Dans le bas-côté gauche, la première chapelle est dédiée aux témoins de la foi de l’Afrique ; dans la chapelle suivante sont rappelés les témoins de la foi de l’Espagne et du Mexique ; la dernière chapelle est dédiée aux témoins de la foi tués sous le régime nazi.